Методы и программная инфраструктура для решения задачи молекулярной конформации

Abstract

Рассматривается задача отыскания геометрической структуры кластера одинаковых атомов, взаимодействие которых описывается парными потенциалами. Применяемые для расчета методы стохастической оптимизации характеризуются высокой ресурсоемкостью, которая затрудняет их применение для анализа соединений с большим количеством атомов. Предлагается программная инфраструктура для реализации стохастических методов. Приводятся результаты вычислительных экспериментов, подтверждающие эффективность предложенных подходов при решении задачи поиска конформации молекулярного кластера с минимальной энергией. Исследуется влияние различных параметров на скорость и точность расчетов.